鉢窪山と丸山は伊豆東部火山群の火口のひとつで約1万7000年前の噴火でできました。
この噴火で流れ出した溶岩は、国道136号が走っている茅野（かやの）の台地をつくり、その後、溶岩の上の平坦面には集落と農地ができました。
溶岩流の端の崖を流れ落ちる滝がこの浄蓮の滝です。
滝の横には溶岩が冷えて収縮する際にできる柱状の岩「柱状節理」ができ、柱状節理と滝がおりなす美しい景観を作り出しています。

滝のまわりには国内では九州南部と浄蓮の滝でしか見られない「ハイコモチシダ（別名：ジョウレンシダ）」が滝の飛沫をうけ、群生しています。
滝の下流に少し歩くと、滝の下からの湧水を利用したわさび沢が広がっています。