伊豆半島ジオパークは、統合を機に、より強固で秩序だった事務局体制の確立を目指します。しかし、ジオパークは事務局のみが運営するものでは決してありません。伊豆半島ジオパークを、設立を目指す市民運動の時代からみれば20年にも亘り支えて下さったのは、草の根の力です。それゆえに地域の声を重視するボトムアップ型の組織運営は、私たちの誇るべき伝統であり、新組織においても揺るがぬ原則です。新しく設置されるジオパーク委員会は、様々な団体がジオパークの運営に参画するための仕組みです。委員会では、様々な団体の代表が、ジオパーク基本計画・行動計画に基づく様々な事業計画を定期的に審議します。
旧推進協議会も類似した仕組みを設けていましたが、新組織では、参画の輪をさらに広げることを目指しています。たとえば、ジオパークを通じた教育活動を一層推し進めるため、統合を機に2022年度からは域内のいくつかの教育委員会の代表がジオパーク委員会に参加しています。
必要が認められる場合、ジオパーク委員会は、特定の課題に取り組むワーキンググループを編成することができます。2022年6月現在、ESDの推進戦略を立案するためのワーキンググループと、学校での教育活動の普及のためのワーキンググループの設立が計画されています。