新組織における戦略的な意思決定を担うのは理事会と企画運営委員会です。構成自治体の首長をはじめ、新組織の理事や企画運営委員は、大多数がこれまでの推進協議会においても正会員や幹事を務めてきた皆様です。従って統合後も、組織の意思決定は一貫性のある安定したものとなります。また、同じ意思決定機関がジオパークと観光を管轄しているので、ジオパークと観光産業の間に無用な齟齬や軋轢を産まぬよう、十分な配慮と調整の下に意思決定が行われることが期待されています。
旧推進協議会の会長である菊地豊伊豆市長は、副会長・理事として引き続き、伊豆半島ユネスコ世界ジオパークの代表者となります。また、新組織による、これまでの推進協議会の理念や活動の継承を確かなものとするため、旧推進協議会の学術顧問とジオガイド協会会長が新組織の理事として意思決定に参画します。